O Museu de Anatomia da Faculdade de Medicina da Universidade do Porto foi criado em 1825 pelos Professores Vicente José de Carvalho (1792-1851) e Bernardo Joaquim Pinto (1795-1852), os dois primeiros professores de Anatomia da então recém-criada Real Escola de Cirurgia do Porto. Inicialmente sem local apropriado onde se pudessem expor convenientemente a peças anatómicas, muitas delas preparadas pelas mãos daqueles Professores, veio mais tarde a estabelecer-se em sala própria nas antigas instalações da Faculdade de Medicina.

Desde a sua formação e até meados do século XX, o Museu foi sendo enriquecido, fruto do entusiasmo e labor dos seus docentes e numerosos colaboradores, com quadros murais, fotografias, radiografias, desenhos, aguarelas e peças anatómicas que documentavam lições e artigos de investigação. O Museu foi então amplamente franqueado a todos os estudiosos.

Em 1959/60 transitou com a Faculdade de Medicina para o edifício do Hospital de S. João, onde passou a ocupar uma ampla área do Instituto de Anatomia do Professor J. A. Pires de Lima. Alguns anos mais tarde, foi transferido para o local que actualmente ocupa, um espaço semi-circular localizado quase ao lado do Teatro Anatómico da Unidade de Anatomia - DBM da Faculdade de Medicina do Porto.

Apesar de já quase nada restar dos exemplares de Anatomia Humana que os fundadores do ensino anatómico na Escola portuense prepararam, o Museu de Anatomia possui um importante acervo de centenas de peças anatómicas, algumas das quais com mais de cem anos, distribuído ao longo de várias salas.

A primeira sala é dedicada à história da Anatomia na Faculdade de Medicina do Porto e expõe quadros a óleo, desenhos e fotografias dos antigos directores do Instituto de Anatomia do Professor J. A. Pires de Lima, bem como documentos, de natureza diversa, alusivos às suas carreiras e actividades.

Segue-se um percurso pelas várias salas onde são visíveis numerosas peças anatómicas. Começando pelo sistema nervoso central e pelo sistema nervoso periférico, seguem-se preparações anatómicas dos diversos sistemas de órgãos do corpo humano, sendo de salientar as demonstrativas de variações anatómicas.

Seguem-se salas dedicadas à Teratologia, à Anatomia Comparada e, finalmente, ao sistema ósseo, onde estão expostos vários esqueletos e uma colecção de crânios humanos.